既に登記の一筆の土地の全てが、公有水面下の土地になった、など、私権のものでなくなった場合は、滅失したものとして考えられます。
そのため、表題部所有者あるいは所有権の登記名義人は、滅失された日から起算をし、1ヶ月以内に土地の滅失登記を申請しなくてはなりません。
権利の滅失によって、該当する土地に関する権利は全て消滅すると考えられています。
そのため、抵当権といった所有権以外の登記については、登記名義人の承諾は特段必要とはされていません。
ちなみに、土地のいち部が海没等、自然災害によって滅失した場合については、地積の減少として取り扱われます。
そのため、表題部所有者あるいは所有権の登記名義人は、一部滅失後の、該当する土地の地積を再度測量し、その測量図を添付して地積の変更登記を申請しなければならないとされています。
また、河川区域内の土地といった一部が消滅した場合、河川の管理人者は滞りなく、該当の土地の地積に対する変更の登記を、登記所に頼み、任せなければなりません。